Fundatorem świątyni był Berthold von Lantosch - właściciel wsi w latach 1637-1658. W 1743r. wybudowano nową dzwonnicę, stąd też na wiatrowskazie znajduje się inna data, niż ta związana z ukończeniem budowy kościoła.

Kościelną kryptę grzebalną wymurowano na zlecenie nowych właścicieli wsi, Wejherów, którzy objęli Bożepole Wielkie w posiadanie w 1789r. Na elementach konstrukcyjnych więźby dachowej nad zakrystią są widoczne napisy: "1867" oraz "johann Bolit". Prawdopodobnie naniósł je ołówkiem cieśla, który wykonał więźbę dachową i zapewne całą zakrystię.

Do 1945r. świątynia była kościołem protestanckim. W 1945r. wykorzystywano ją jako salę kinową. W latach 50. XXw. budowlę przejęli katolicy. W 1990r., po oddaniu do użytku nowego kościoła we wsi, stara świątynia opustoszała.

Decyzją z 2004r. Pomorski Wojewódzki Konserwator Zabytków, na wniosek Parafii Rzymskokatolickiej w Bożympolu Wielkim, zezwolił na przejęcie obiektu przez Muzeum. Świątynię przeniesiono wraz z trumnami znajdującymi się w krypcie grzebalnej. Obecnie kościół jest wykorzystywany na potrzeby wystawy prezentującej dawne krzyże przydrożne oraz kapliczki zgromadzone w Muzeum.