Pałac Miejski (fr. Palais de La Cité) był rezydencją i siedzibą królów Francji od X do XIVw., pozostając jednocześnie siedzibą głównych sądów do dziś. Część pałacu, po opuszczeniu go jako rezydencji przez Karola V i jego następców, została w 1370r. przekształcona w więzienie państwowe zwane Stróżówką (fr. Conciergerie od concierge - stróż, dozorca). Zajmowało ono parter budynku, górne piętro było zarezerwowane dla parlamentu. Conciergerie zdobyło złą sławę w czasie Rewolucji Francuskiej, kiedy zyskało potoczną nazwę "przedpokoju gilotyny". Łącznie przez więzienie przewinęło się 2780 więźniów, w tym królowa Maria Antonina. Liczne przebudowy obiektu sprawiły, że jest on dziś poważnie zmieniony w porównaniu z epoką średniowiecza. Zachowały się trzy wieże: Srebrna (dawniej miejsce przechowywania skarbu), Wieża Cezara oraz Wieża Tortur.

Kolejnym zachowanym fragmentem Pałacu Miejskiego jest dwukondygnacyjna Święta Kaplica (fr. Sainte-Chapelle), położona w centrum dawnej rezydencji. Ufundowana została w XIIIw. przez króla Ludwika IX jako miejsce przechowywania cennych relikwii: Świętej Korony Cierniowej, fragmentu Prawdziwego Krzyża, jak również innych relikwii Męki Pańskiej. To dla tych relikwii, które stanowiły "świętą tarczę" królestwa Francji, urządzono górną kaplicę. W dolnej kaplicy znalazły się relikwiarze na relikwie świętych patronów Francji, m.in. świętych: Marcina, Ludwika z Tuluzy, Seweryna. Jest to pierwsza zbudowana Święta Kaplica, zaprojektowana jako rozległa świątynia, prawie w całości przeszklona. Wyróżnia się elegancją i śmiałością architektury, przejawiającą się w znacznym podwyższeniu i niemal całkowitym usunięciu murów na wysokości okien górnej kaplicy. Choć budowana w krótkim czasie, nieprzekraczającym 7 lat, nie zauważono żadnych wad konstrukcyjnych. Nie zaniedbano też dekoracji, w szczególności rzeźby, malarstwa i sztuki witrażowej. To właśnie ogromne, oryginalne, historyczne witraże stanowią dziś bogactwo Świętej Kaplicy, ponieważ została ona pozbawiona reliktów, a tym samym straciła swoją główną rację bytu. W 1630r. część wnętrza zniszczył pożar. W czasie Rewolucji Francuskiej kaplicę zamieniono na magazyn mąki. Został zniszczony przede wszystkim zespół relikwiarzy, w tym główny, złoty relikwiarz, mieszczący pamiątki po męce i śmierci Chrystusa, został przetopiony. Kaplica została zamknięta dla kultu około 1790r., a następnie opróżniona z całej zawartości. Ocalałe relikwie i zbiory ze skarbca trafiły m.in. do skarbca katedry Notre-Dame, część rozproszonych dzieł przekazano do Luwru, Narodowego Muzeum Wieków Średnich i Biblioteki Narodowej. W 1797r. kaplicę przekształcono w repozytorium archiwum sądowego. Pod naciskiem opinii publicznej w latach 1838-67 wykonano renowację i rekonstrukcję. W latach 1853-57 wybudowano obecną 33-metrową wieżyczkę na sygnaturkę wieńczącą dach kaplicy. Zabiegi konserwacyjne przywróciły kaplicy pierwotny gotycki wygląd, usuwając m.in. elementy wyposażenia z okresu baroku. Jako symboliczny budynek promiennego gotyku w 1862r. Sainte-Chapelle została sklasyfikowana jako zabytek historyczny.

Pałac Sprawiedliwości (fr. Palais de Justice de Paris) od początku istnienia stanowił siedzibę najważniejszych organów wymiaru sprawiedliwości we Francji. Zajmuje łącznie 1/3 powierzchni całej wyspy, zajmując obszar niegdysiejszego Pałacu Miejskiego. Pałac przeszedł kilka pożarów i wiele przebudowań. Obecnie zarówno Conciergerie, jak i Sainte-Chapelle, traktowane są jako jego skrzydła.